回答

はい、可能です。

AZAREA_Geneから出力される設定ファイルにWindows認証用のソースコードが出力されていますので、デフォルトで有効となっているフォーム認証用のソースコードとWindows認証用のソースコードで、コメントの切り替えを行っていただくことで設定変更が可能です。